Выбор формы причастия зависит от смысловых особенностей суждения, а точнее от того, что подразумевается: доля или часть доли. Если муниципальному образованию принадлежит одна четвертая часть доли, то принадлежащую. В этом случае в договоре лучше всего написать без словесных сокращений: Продает 1/4 часть доли, принадлежащую муниципальному образованию.

Запятая не ставится.

1. Предпочтительная пунктуация: Застройщик — общество с ограниченной ответственностью «Ромашка», юридическое лицо, имеющее на правах аренды земельный участок с кадастровым номером 00-00-00 и привлекающее денежные средства Участников долевого строительства, в соответствии с действующим законодательством, для строительства на этом земельном участке «многоквартирного жилого дома (первая очередь строительства)» на основании разрешения на строительство  00-00-00 от 01.01.01.

2. Верно: Участник долевого строительства — физическое или юридическое лицо, индивидуальный предприниматель, внесшие денежные средства...

3. Далее в тексте эти слова в кавычки не заключаются.